Инструменты пользователя

Инструменты сайта


Боковая панель

Навигация

unix
notes
firmware
windows
Говнокод

Внешние ссылки

Внешняя ссылка

converterdicom

Меняем кодировку в DICOM и конвертируем кириллицу в латиницу, пишем в базу и отправляем в ORTHANC.

Есть у нас рентген аппарат у которого в xml файле написана кодировка ISO-8859-5, а русские символы в Windows-1251. Изменим тег с кодировкой и конвертируем кириллицу в латиницу с помощью python и отправим это все дело в ORTHANC.

Создадим базу данных:

INI
-- phpMyAdmin SQL Dump
-- version 5.0.4deb2
-- https://www.phpmyadmin.net/
--
-- Хост: localhost:3306
-- Время создания: Июн 16 2022 г., 10:49
-- Версия сервера: 10.5.15-MariaDB-0+deb11u1
-- Версия PHP: 7.4.28

SET SQL_MODE = "NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO";
START TRANSACTION;
SET time_zone = "+00:00";


/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_CLIENT=@@CHARACTER_SET_CLIENT */;
/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_RESULTS=@@CHARACTER_SET_RESULTS */;
/*!40101 SET @OLD_COLLATION_CONNECTION=@@COLLATION_CONNECTION */;
/*!40101 SET NAMES utf8mb4 */;

--
-- База данных: `DicomConvert`
--

-- --------------------------------------------------------

--
-- Структура таблицы `DicomSend`
--

CREATE TABLE `DicomSend` (
  `id` int(11) NOT NULL,
  `FileName` text NOT NULL,
  `SendDate` timestamp NOT NULL DEFAULT current_timestamp() ON UPDATE current_timestamp(),
  `PatientName` text NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8mb4;

--
-- Индексы сохранённых таблиц
--

--
-- Индексы таблицы `DicomSend`
--
ALTER TABLE `DicomSend`
  ADD PRIMARY KEY (`id`);

--
-- AUTO_INCREMENT для сохранённых таблиц
--

--
-- AUTO_INCREMENT для таблицы `DicomSend`
--
ALTER TABLE `DicomSend`
  MODIFY `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, AUTO_INCREMENT=4;
COMMIT;

/*!40101 SET CHARACTER_SET_CLIENT=@OLD_CHARACTER_SET_CLIENT */;
/*!40101 SET CHARACTER_SET_RESULTS=@OLD_CHARACTER_SET_RESULTS */;
/*!40101 SET COLLATION_CONNECTION=@OLD_COLLATION_CONNECTION */;

Подключимся к базе:

INI
cat connector.py

import mysql.connector
cnx = mysql.connector.connect(user='DicomConvert', password='d85El4459kqOq2q0',
                              host='127.0.0.1',
                              database='DicomConvert',
                              use_pure=False)

Сам скрипт конвертации и отправки:

INI
cat dicomSend.py

import glob
import subprocess
import os
import signal
import sys
import time
import fileinput
import connector
import transliterate


server = '192.168.1.43 4242' # Сервер и порт куда будем посылать снимки
fileList = open("/root/python/files_to_copy", "r") # файл со списком изображений(построчно), пример: (/root/DCM/555_777.DCM) 

from datetime import datetime
now= datetime.now()

while True:
        lineFileList = fileList.readline()
        if not lineFileList:
                break
        filePath=lineFileList.strip()
        fileName=filePath.split('/')[-1]

        cursor = connector.cnx.cursor()
        select_query = (f"select * from DicomSend where FileName=%s")
        cursor.execute(select_query,[fileName])
        row = cursor.fetchone()

        if row == None:

                dcmToXml=subprocess.Popen("dcm2xml +M +Wb "+ filePath + " " + filePath + ".xml", shell=True)
                dcmToXml.communicate()
                fin = open(filePath + ".xml",encoding = "WINDOWS-1251")
                fout = open(filePath +".xml.mod", "wt")
                for line in fin:
                        fout.write( line.replace('ISO-8859-5', 'UTF-8') )
                fin.close()
                fout.close()

                fullpathxml = filePath +'.xml.mod'

                import xml.etree.ElementTree as ET
                tree = ET.parse(fullpathxml)

                PatientName=tree.findall('data-set/element[@name="PatientName"]')[0].text
                if PatientName:
                        PatientNameTrans=transliterate.transliterate(PatientName)
                else:
                        PatientNameTrans="NameErr"

                tree.findall('data-set/element[@name="PatientName"]')[0].text = PatientNameTrans

                BodyPE=tree.findall('data-set/element[@name="BodyPartExamined"]')[0].text
                if BodyPE:
                        BodyPETrans=transliterate.transliterate(BodyPE)
                else:
                        BodyPETrans="BodyErr"

                tree.findall('data-set/element[@name="BodyPartExamined"]')[0].text = BodyPETrans

                try:
                        ViewPos=tree.findall('data-set/element[@name="ViewPosition"]')[0].text
                        ViewPosTrans=transliterate.transliterate(ViewPos)
                except:
                        ViewPosTrans="ViewErr"

                tree.findall('data-set/element[@name="ViewPosition"]')[0].text = ViewPosTrans

                tree.write(fullpathxml)

                xmlToDcm=subprocess.Popen("xml2dcm -f "+ fullpathxml + " "+ fullpathxml +".dcm", shell=True)
                xmlToDcm.communicate()

                dcmSend=subprocess.Popen("dcmsend -nuc +ma "+server+" "+fullpathxml+".dcm", shell=True, text=True, stderr=subprocess.PIPE)
                data=dcmSend.communicate()
                for line in data:
                        if line:
                                line = line.strip()
                line=line.split(':')[0]
                if line=='W':
                        cursor = connector.cnx.cursor()
                        insert_query=(f"INSERT INTO DicomSend (id, FileName, SendDate, PatientName) values(NULL, %s, NULL, %s)")
                        cursor.execute(insert_query,[fileName, PatientNameTrans])
                        connector.cnx.commit()
                        fullpath='/'.join(fullpathxml.split('/')[:-1])
                        for xmlpath in glob.iglob(os.path.join(fullpath, '*.xml')):
                                os.remove(xmlpath)
                        for modpath in glob.iglob(os.path.join(fullpath, '*.mod')):
                                os.remove(modpath)
                        for moddcmpath in glob.iglob(os.path.join(fullpath, '*.mod.dcm')):
                                os.remove(moddcmpath)
                else:
                        print('ERROR. ORTHANC NOT ANSWER = ',now)
        else:
                print('RECORD IS DUPLICATED = ', now)

Скрипт в крон для запуска конвертера:

  • Проверяем, работает ли конвертер в данные момент.
  • синхронизируем хранилище сервера с рабочей станцией мед. оборудования (на рабочих станциях хранилища со снимками у меня расшарены, а на сервере примонтированы в каталог /mnt).
  • создаем файл со списком изображений.
  • пишем лог.
INI
#!/bin/bash

#!/bin/sh
if ps -ef | grep -v grep | grep dicomSend.py ; then
        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/Roentgen /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/MRT /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
        exit 0
else
        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/Roentgen /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/MRT /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
        find /mnt/data/raid1/sendDCM/ -type f  -mmin -2880 -a -iname "*.dcm" > /root/python/files_to_copy ;
        python /root/python/dicomSend.py >> /root/python/log/dicomConvert.log ;
        exit 0
fi

Транслитерация:

INI
cat transliterate.py

# -*- coding: utf-8 -*-

def transliterate(name):
   """
   Автор: LarsKort
   Дата: 16/07/2011; 1:05 GMT-4;
   Не претендую на "хорошесть" словарика. В моем случае и такой пойдет,
   вы всегда сможете добавить свои символы и даже слова. Только
   это нужно делать в обоих списках, иначе будет ошибка.
   """
   # Слоаврь с заменами
   slovar = {'а':'a','б':'b','в':'v','г':'g','д':'d','е':'e','ё':'yo',
      'ж':'zh','з':'z','и':'i','й':'i','к':'k','л':'l','м':'m','н':'n',
      'о':'o','п':'p','р':'r','с':'s','т':'t','у':'u','ф':'f','х':'h',
      'ц':'c','ч':'ch','ш':'sh','щ':'sch','ъ':'','ы':'y','ь':'','э':'e',
      'ю':'u','я':'ya', 'А':'A','Б':'B','В':'V','Г':'G','Д':'D','Е':'E','Ё':'YO',
      'Ж':'ZH','З':'Z','И':'I','Й':'I','К':'K','Л':'L','М':'M','Н':'N',
      'О':'O','П':'P','Р':'R','С':'S','Т':'T','У':'U','Ф':'F','Х':'H',
      'Ц':'C','Ч':'CH','Ш':'SH','Щ':'SCH','Ъ':'','Ы':'y','Ь':'','Э':'E',
      'Ю':'U','Я':'YA',',':'','?':'',' ':' ','~':'','!':'','@':'','#':'',
      '$':'','%':'','^':' ','&':'','*':'','(':'',')':'','-':'','=':'','+':'',
      ':':'',';':'','<':'','>':'','\'':'','"':'','\\':'','/':'','№':'',
      '[':'',']':'','{':'','}':'','ґ':'','ї':'', 'є':'','Ґ':'g','Ї':'i',
      'Є':'e', '—':''}

   # Циклически заменяем все буквы в строке
   for key in slovar:
      name = name.replace(key, slovar[key])
   return name

converterdicom.txt · Последнее изменение: 2022/06/16 04:18 — sector

Яндекс.Метрика