Различия

Показаны различия между двумя версиями страницы.

--- converterdicom [2021/04/27 04:25]
sector
+++ converterdicom [2023/01/29 05:35] (текущий)
sector
@@ Строка 1: / Строка 1: @@
-====== Меняем кодировку в DICOM и конвертируем кириллицу в латиницу. ======
+====== Меняем кодировку в DICOM и конвертируем кириллицу в латиницу, пишем в базу и отправляем в ORTHANC. ======
 Есть у нас рентген аппарат у которого в xml файле написана кодировка ISO-8859-5, а русские символы в Windows-1251.
-Изменим тег с кодировкой и конвертируем кириkлицу в латиницу с помощью python и отправим это все дело в ORTHANC.
+Изменим тег с кодировкой и конвертируем кириллицу в латиницу с помощью python и отправим это все дело в ORTHANC.
+[[https://github.com/AndreyGutov/DicomConverter.git|Ссылка на gitHub]]
+=== Создадим базу данных: ===
-ОСТОРОЖНО ! ГОВНОКОД !
+<code | INI>
+-- phpMyAdmin SQL Dump
+-- version 5.0.4deb2
+-- https://www.phpmyadmin.net/
+--
+-- Хост: localhost:3306
+-- Время создания: Июн 16 2022 г., 10:49
+-- Версия сервера: 10.5.15-MariaDB-0+deb11u1
+-- Версия PHP: 7.4.28
+SET SQL_MODE = "NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO";
+START TRANSACTION;
+SET time_zone = "+00:00";
+/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_CLIENT=@@CHARACTER_SET_CLIENT */;
+/*!40101 SET @OLD_CHARACTER_SET_RESULTS=@@CHARACTER_SET_RESULTS */;
+/*!40101 SET @OLD_COLLATION_CONNECTION=@@COLLATION_CONNECTION */;
+/*!40101 SET NAMES utf8mb4 */;
+--
+-- База данных: `DicomConvert`
+--
+-- --------------------------------------------------------
+--
+-- Структура таблицы `DicomSend`
+--
+CREATE TABLE `DicomSend` (
+  `id` int(11) NOT NULL,
+  `FileName` text NOT NULL,
+  `SendDate` timestamp NOT NULL DEFAULT current_timestamp() ON UPDATE current_timestamp(),
+  `PatientName` text NOT NULL
+) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8mb4;
+--
+-- Индексы сохранённых таблиц
+--
+--
+-- Индексы таблицы `DicomSend`
+--
+ALTER TABLE `DicomSend`
+  ADD PRIMARY KEY (`id`);
+--
+-- AUTO_INCREMENT для сохранённых таблиц
+--
+--
+-- AUTO_INCREMENT для таблицы `DicomSend`
+--
+ALTER TABLE `DicomSend`
+  MODIFY `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, AUTO_INCREMENT=4;
+COMMIT;
+/*!40101 SET CHARACTER_SET_CLIENT=@OLD_CHARACTER_SET_CLIENT */;
+/*!40101 SET CHARACTER_SET_RESULTS=@OLD_CHARACTER_SET_RESULTS */;
+/*!40101 SET COLLATION_CONNECTION=@OLD_COLLATION_CONNECTION */;
+</code>
+=== Подключимся к базе: ===
 <code | INI>
-# -*- coding: utf-8 -*-
+cat connector.py
+import mysql.connector
+cnx = mysql.connector.connect(user='DicomConvert', password='d85El4459kqOq2q0',
+                              host='127.0.0.1',
+                              database='DicomConvert',
+                              use_pure=False)
+</code>
+=== Сам скрипт конвертации и отправки: ===
+<code | INI>
+cat dicomSend.py
 import glob
 import subprocess
 import os
 import signal
-import fileinput
 import sys
 import time
-import transliterate - https://gist.github.com/ledovsky/6398962
+import fileinput
-reload(sys)
+import connector
-sys.setdefaultencoding('utf-8')
+import transliterate
-path="/mnt/data/raid1/sendDCM/"
-for filepath in glob.iglob(path+'*.[dD][cC][mM]'):
+server = '192.168.1.43 4242' # Сервер и порт куда будем посылать снимки
+fileList = open("/root/python/files_to_copy", "r") # файл со списком изображений(построчно), пример: (/root/DCM/555_777.DCM)
-    a=filepath
+from datetime import datetime
-    b=a.split('/')[5]
+now= datetime.now()
-    c=subprocess.Popen("dcm2xml +M +Wb " + filepath + " "+ path  + b + ".xml", shell=True)
+while True:
-    c.communicate()
+        lineFileList = fileList.readline()
+        if not lineFileList:
+                break
+        filePath=lineFileList.strip()
+        fileName=filePath.split('/')[-1]
-    def replaceAll(file,searchExp,replaceExp):
+        cursor = connector.cnx.cursor()
-        for line in fileinput.input(file, inplace=1):
+        select_query = (f"select * from DicomSend where FileName=%s")
-            if searchExp in line:
+        cursor.execute(select_query,[fileName])
-                line = line.replace(searchExp,replaceExp)
+        row = cursor.fetchone()
-            sys.stdout.write(line)
-    replaceAll(filepath + ".xml","ISO-8859-5","WINDOWS-1251")
+        if row == None:
-    fullpathxml = path + b +'.xml'
+                dcmToXml=subprocess.Popen("dcm2xml +M +Wb "+ filePath + " " + filePath + ".xml", shell=True)
+                dcmToXml.communicate()
+                fin = open(filePath + ".xml",encoding = "WINDOWS-1251")
+                fout = open(filePath +".xml.mod", "wt")
+                for line in fin:
+                        fout.write( line.replace('ISO-8859-5', 'UTF-8') )
+                fin.close()
+                fout.close()
-    import xml.etree.ElementTree as ET
+                fullpathxml = filePath +'.xml.mod'
-    tree = ET.parse(fullpathxml)
-    PatientName=tree.findall('data-set/element[@name="PatientName"]')[0].text
+                import xml.etree.ElementTree as ET
-    BodyPE=tree.findall('data-set/element[@name="BodyPartExamined"]')[0].text
+                tree = ET.parse(fullpathxml)
-    if BodyPE:
-        BodyPE=BodyPE
-    else:
-        BodyPE="Не заполнено"
-    ViewPos=tree.findall('data-set/element[@name="ViewPosition"]')[0].text
+                PatientName=tree.findall('data-set/element[@name="PatientName"]')[0].text
-    if ViewPos:
+                if PatientName:
-        ViewPos=ViewPos
+                        PatientNameTrans=transliterate.transliterate(PatientName)
-    else:
+                else:
-        ViewPos="Не заполнено"
+                        PatientNameTrans="NameErr"
-    PatientNameTrans= transliterate.transliterate(PatientName)
+                tree.findall('data-set/element[@name="PatientName"]')[0].text = PatientNameTrans
-    BodyPETrans= transliterate.transliterate(BodyPE)
-    ViewPosTrans= transliterate.transliterate(ViewPos)
-    PatientNameClean=tree.findall('data-set/element[@name="PatientName"]')[0].text = PatientNameTrans
+                BodyPE=tree.findall('data-set/element[@name="BodyPartExamined"]')[0].text
-    BodyPEClean=tree.findall('data-set/element[@name="BodyPartExamined"]')[0].text = BodyPETrans
+                if BodyPE:
-    ViewPosClean=tree.findall('data-set/element[@name="ViewPosition"]')[0].text = ViewPosTrans
+                        BodyPETrans=transliterate.transliterate(BodyPE)
+                else:
+                        BodyPETrans="BodyErr"
+                tree.findall('data-set/element[@name="BodyPartExamined"]')[0].text = BodyPETrans
+                try:
+                        ViewPos=tree.findall('data-set/element[@name="ViewPosition"]')[0].text
+                        ViewPosTrans=transliterate.transliterate(ViewPos)
+                except:
+                        ViewPosTrans="ViewErr"
+                tree.findall('data-set/element[@name="ViewPosition"]')[0].text = ViewPosTrans
+                tree.write(fullpathxml)
+                xmlToDcm=subprocess.Popen("xml2dcm -f "+ fullpathxml + " "+ fullpathxml +".dcm", shell=True)
+                xmlToDcm.communicate()
+                dcmSend=subprocess.Popen("dcmsend -nuc +ma "+server+" "+fullpathxml+".dcm", shell=True, text=True, stderr=subprocess.PIPE)
+                data=dcmSend.communicate()
+                for line in data:
+                        if line:
+                                line = line.strip()
+                line=line.split(':')[0]
+                if line=='W':
+                        cursor = connector.cnx.cursor()
+                        insert_query=(f"INSERT INTO DicomSend (id, FileName, SendDate, PatientName) values(NULL, %s, NULL, %s)")
+                        cursor.execute(insert_query,[fileName, PatientNameTrans])
+                        connector.cnx.commit()
+                        fullpath='/'.join(fullpathxml.split('/')[:-1])
+                        for xmlpath in glob.iglob(os.path.join(fullpath, '*.xml')):
+                                os.remove(xmlpath)
+                        for modpath in glob.iglob(os.path.join(fullpath, '*.mod')):
+                                os.remove(modpath)
+                        for moddcmpath in glob.iglob(os.path.join(fullpath, '*.mod.dcm')):
+                                os.remove(moddcmpath)
+                else:
+                        print('ERROR. ORTHANC NOT ANSWER = ',now)
+        else:
+                print('RECORD IS DUPLICATED = ', now)
+</code>
+=== Скрипт в крон для запуска конвертера: ===
+  * Проверяем, работает ли конвертер в данные момент.
+  * синхронизируем хранилище сервера с рабочей станцией мед. оборудования (на рабочих станциях хранилища со снимками у меня расшарены, а на сервере примонтированы в каталог /mnt).
+  * создаем файл со списком изображений.
+  * пишем лог.
+<code | INI>
+#!/bin/bash
+#!/bin/sh
+if ps -ef | grep -v grep | grep dicomSend.py ; then
+        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/Roentgen /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
+        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/MRT /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
+        exit 0
+else
+        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/Roentgen /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
+        rsync -azvp --exclude 2020/ --exclude test.txt --exclude *.tgz /mnt/data/raid1/DicomShare/MRT /mnt/data/raid1/sendDCM/ ;
+        find /mnt/data/raid1/sendDCM/ -type f  -mmin -2880 -a -iname "*.dcm" > /root/python/files_to_copy ;
+        python /root/python/dicomSend.py >> /root/python/log/dicomConvert.log ;
+        exit 0
+fi
+</code>
+=== Транслитерация: ===
+<code | INI>
+cat transliterate.py
+# -*- coding: utf-8 -*-
-    tree.write(fullpathxml)
+def transliterate(name):
+   """
+   Автор: LarsKort
+   Дата: 16/07/2011; 1:05 GMT-4;
+   Не претендую на "хорошесть" словарика. В моем случае и такой пойдет,
+   вы всегда сможете добавить свои символы и даже слова. Только
+   это нужно делать в обоих списках, иначе будет ошибка.
+   """
+   # Слоаврь с заменами
+   slovar = {'а':'a','б':'b','в':'v','г':'g','д':'d','е':'e','ё':'yo',
+      'ж':'zh','з':'z','и':'i','й':'i','к':'k','л':'l','м':'m','н':'n',
+      'о':'o','п':'p','р':'r','с':'s','т':'t','у':'u','ф':'f','х':'h',
+      'ц':'c','ч':'ch','ш':'sh','щ':'sch','ъ':'','ы':'y','ь':'','э':'e',
+      'ю':'u','я':'ya', 'А':'A','Б':'B','В':'V','Г':'G','Д':'D','Е':'E','Ё':'YO',
+      'Ж':'ZH','З':'Z','И':'I','Й':'I','К':'K','Л':'L','М':'M','Н':'N',
+      'О':'O','П':'P','Р':'R','С':'S','Т':'T','У':'U','Ф':'F','Х':'H',
+      'Ц':'C','Ч':'CH','Ш':'SH','Щ':'SCH','Ъ':'','Ы':'y','Ь':'','Э':'E',
+      'Ю':'U','Я':'YA',',':'','?':'',' ':' ','~':'','!':'','@':'','#':'',
+      '$':'','%':'','^':' ','&':'','*':'','(':'',')':'','-':'','=':'','+':'',
+      ':':'',';':'','<':'','>':'','\'':'','"':'','\\':'','/':'','№':'',
+      '[':'',']':'','{':'','}':'','ґ':'','ї':'', 'є':'','Ґ':'g','Ї':'i',
+      'Є':'e', '—':''}
-    d=subprocess.Popen("xml2dcm -f "+path + b + ".xml "+ path + b +".mod", shell=True)
+   # Циклически заменяем все буквы в строке
-    time.sleep(5)
+   for key in slovar:
-    e=subprocess.Popen("dcmsend -nuc +ma orthanc.medcorp.local 4242 "+ path + b +".mod", shell=True)
+      name = name.replace(key, slovar[key])
-    time.sleep(5)
+   return name
-    e.communicate()
-    os.remove(filepath)
-    for xmlpath in glob.iglob(os.path.join(path, '*.xml')):
-        os.remove(xmlpath)
-    for modpath in glob.iglob(os.path.join(path, '*.mod')):
 </code>

writer.logalhost.ru

Инструменты пользователя

Инструменты сайта

Различия

Инструменты страницы